在于签证持有人可以在签证有效期内多次出入境的次数不同。

对于3个月多次签证，持有人在签证有效期内可以多次出入境，每次停留时间一般为30天左右；而对于一年两次签证，持有人在签证有效期内只可以两次出入境，每次停留时间一般为180天左右。

3个月多次签证的优点是持有人可以在有效期内多次出入境，适合需要频繁出入境的人士，也更加灵活方便。

但缺点是停留时间有限制，且签证有效期短，需要持续续签。

而一年两次签证的优点是在签证有效期内可以多次停留，每次停留时间较长，适合固定旅行安排的人士。

但缺点是每半年只能出入境两次，不够灵活，也不能频繁出入境。