有区别，区别在于，FPGA工程师和硬件工程师都是从事硬件设计和开发的专业人员，但他们的职责和关注点有所不同。

FPGA工程师主要负责设计、开发和优化基于FPGA的硬件系统，关注FPGA的逻辑设计、编程和调试。

而硬件工程师则更广泛地涉及整个硬件系统的设计和开发，包括电路板设计、芯片选型、接口设计等，更注重硬件的整体性能和稳定性。因此，可以说FPGA工程师是硬件工程师中的一个专业领域。