在微生物育种上，常用的菌种选育方法包括自然选择、突变、重组DNA技术等。其中，自然选择法适用于筛选某种环境下特别适应的菌株，比如耐高盐、耐低温等；突变法通过利用化学物质或辐射诱变，突变出具有有利特性的突变体，如高产酶、抗菌等；重组DNA技术则通过基因修饰，使微生物具备特定功能，如产生抗生素、合成生物柴油等。因此，不同的菌种选育方法在微生物育种上都有其独特的应用场景和优劣势，可根据特定需求选择合适的方法进行菌种选育。