海运冷冻集装箱报废的流程如下：

1. 检查：对集装箱进行全面检查，检测出哪些部件可以继续使用，哪些需要更换或修复。

2. 判定：根据检查结果，判定集装箱是否可以继续使用；如果不能继续使用，需要确认是否可以进行回收、拆解或处置。

3. 拆解：进行拆解，将废旧部件分离处理，拆卸的部件可以选择回收或者销毁。废旧部件中的金属、塑料等可以通过回收利用方式再利用，另外具有经济价值的零部件也可以进行拍卖；而无法继续使用的废旧部件如橡胶、玻璃等则可以彻底销毁。

4. 处置：将残败的部分进行妥善处置，采用环保的方式处理残余物料。