连续三个月扣绩效并不合法。根据劳动法规定，用人单位应当依法支付劳动者劳动报酬，不得克扣或者无故拖欠。绩效工资是劳动者根据工作表现获得的报酬，用人单位应当公正、合理、透明地制定绩效考核标准，并及时发放绩效工资。

若用人单位未经劳动者同意或规定违法情形，连续扣除绩效工资，将涉嫌实行非法拘禁行为，严重违反了法律。劳动者可向劳动部门申请维权或者向法院提起民事诉讼要求用人单位支付相应的赔偿。