股东退股涉及到公司股权结构变化，可能会对公司的资本结构和财务状况产生影响。在此情况下，处理资本公积的方法取决于退股的具体情况。

一般来说，如果股东退股导致公司注册资本减少，那么相应的资本公积也需要进行调整。因为资本公积是公司股本账户与实收资本账户之间的余额，它反映了公司超过注册资本的净资产。

如果退股后公司注册资本仍然大于其净资产，那么可以将退股所得款项从资本公积中转移出去，以抵消注册资本的减少。这个过程涉及到资本公积的转移，需要经过公司股东大会审议和决定，并按照公司章程规定的程序进行。

如果退股后公司净资产低于注册资本，那么资本公积不能用于弥补注册资本的减少。此时，公司需要根据法律法规和公司章程的规定，采取适当的措施来解决这种情况。例如，可以通过增加注册资本、发行新股等方式补充资金，以维持公司的正常运作。

总之，处理股东退股涉及到资本公积的问题，需要根据具体情况进行合理调整，并遵循相关法律法规和公司章程的规定。