若鸡头米比较鲜嫩，则可戴上专门用于剥壳的小指套直接用手剥壳，用尖的一头轻划鸡头米壳，即可剥开壳。

也可以手工敲打鸡头米，使果壳出现裂痕并破碎，再剥掉种子外部的薄膜。

若鸡头米数量较多，可以使用芡实剥壳机，操作简单，能快速分离壳肉。