在制作醋的过程中，大曲和小曲都有各自的特点和优势。

大曲是由大麦、豌豆等原料制成的，里面包含的微生物种类很多，能将原料中的淀粉切断，并为其转化为酒精和其他的风味物质，它既是糖化剂也是发酵剂。小曲则主要由米粉、米糠、麦麸等制成，其内含的微生物主要是根霉、拟内孢霉、乳酸菌和酵母菌等，种类不如大曲多，但它也是“多微”糖化和“多微”发酵的曲种。小曲制作的传统方法是以累代培养的曲母为种做成米曲，并多包含数种中草药，中草药的主要作用是菌种区系形成和构成小曲酒特有风味。

如果想要制作出风味独特的醋，可以选择使用大曲；如果更注重生态环保和制作效率，小曲也是一个不错的选择。