微生物的分类，主要包括：细菌、病毒、真菌等三种。

细菌：一类细胞细短，结构简单，胞壁坚韧，多以二分裂方式繁殖和水生性强的原核生物。

病毒：一类由核酸和蛋白质等少数几种成分组成的“非细胞生物”。

真菌：一种具真核的、产孢的、无叶绿体的真核生物。