港澳通行证的一年有效期内两次签注的计算方式如下：

1，有效期计算：通行证的有效期从签发之日开始算起，持续到下一年的同一天。

例如，如果通行证是在2023年3月15日签发的，那么它的有效期将截止到2024年3月14日。

2，两次签注的含义：在这个一年的有效期内，持证人可以使用通行证进出香港或澳门两次。

例如，如果在2024年5月使用通行证去香港，然后在同年10月再次使用，那么这两次出入就已经完成了。重要的是，这两次使用必须在通行证的有效期内完成。