当施工单位提交的数据不全时，项目监理机构应首先与施工单位取得联系，明确缺失的数据内容，并要求其在规定时间内补充完整。同时，监理机构应加强对施工过程的监督，确保施工质量和安全不受影响。

若施工单位未能按时提交完整数据，监理机构有权采取相应措施，如暂停部分施工或提出警告等，以保障项目的顺利进行。

此外，监理机构还应记录此情况，并在后续报告中详细说明，以便项目方了解并作出相应决策。