如果公司无证经营导致劳动纠纷，员工可以向当地劳动仲裁机构提起仲裁申请。首先，员工需要准备好相关的证据材料，并填写申请表格提交给劳动仲裁机构。

然后，劳动仲裁机构将会组织调解或者审理，并最终做出裁决。

在此过程中，员工需要严格按照劳动仲裁机构的规定和程序进行操作，以确保自己的权益能够得到保障和维护。