马拉松运动员在比赛中主要的供能系统是氧化磷酸化系统。当身体需要能量时，肌肉细胞中的化合物ATP通过断裂成为ADP，同时释放出能量供肌肉运动所需。

但ATP存储量有限，为了维持长时间的运动，肌肉细胞需要以其他方式获得更多的ATP。

在长跑中，氧化磷酸化系统会占据主导地位，将葡萄糖经过一系列反应转化为ATP，同时产生水和二氧化碳。

这种系统需要呼吸系统提供充足的氧气，因此长跑运动员需要加强有氧耐力训练，提高氧气利用效率，从而更好地利用氧化磷酸化系统，完成比赛。