回答是：公积金贷款每月还款超过利息部分是从本金中扣除。因为根据住房公积金管理中心规定，房贷月供方式分为两种，等额本息还款方式和等额本金还款方式，在扣收贷款时，包括本金和利息同时扣除。所以，公积金贷款每月还款时，超过利息部分是从本金中扣除。