重庆市灵活就业证明需要准备以下材料：身份证件、社保卡（或社保证明）、企业营业执照（或组织机构代码证）、个人所得税完税证明等。

可携带以上材料到当地人社局或市场监管局认证窗口，提交相关证明申请即可。办理周期约为5-7个工作日，具体时间因材料齐全情况而异。注意：证明必须为与就业有关单位颁发的文书，且在颁发单位、时间和内容等方面真实有效。