北京S6线全长约39.1公里，共设有10个车站。起点是汽车北站，终点是通州北关站。途经的车站依次为：车站前剧场站、立水桥站、北苑路北站、望京东站、崔各庄站、望京站、阜通站、望京西站和孙河站。

其中，立水桥站是s2线，s13线的换乘站，望京站为s14线的换乘站，阜通站为s11线，s18线的换乘站。s6线覆盖了北京市关键的高新科技产业园区，串起了京城东北部的城市板块，为城市发展提供了极大的便利。