医保系统的停机升级时间是根据升级内容的复杂程度和系统规模来决定的。一般而言，医保系统的停机升级可能需要几个小时到几天不等的时间。在进行升级前，相关部门通常会提前通知用户，并在升级期间尽可能减少对用户的影响。具体的停机升级时间可能会因各地区、各系统而异，需要用户在相关部门的通知和安排下进行操作。