建造师证书被其他单位使用应该起诉因为建造师证书是由国家授权的专业证书，如果被其他单位非法使用，不仅有可能导致工程施工质量不达标，也可能导致一些法律纠纷，因此要及时保护自己的利益。

起诉的具体方式是，先向相关单位提出停止使用证书的请求，如果对方不听或者继续使用证书，可以向当地人民法院提起民事诉讼，要求对方停止使用证书并承担相应的经济赔偿责任。

此外，在起诉之前建议咨询一些专业的律师，了解相关的法律规定和程序，避免因为操作不当而导致起诉失败。