个人一年住院三次，只要个人这三次住院费用总额未超过当地医疗保险规定的最高保险金额时，在出院时可以直接进行医保支付的。根据医保基金报销管理办法的相关规定，个人一年中无论住院多少次，只要医疗费用总额不超过当地最高金额时，都可以据实进行报销的。