离子通道中间孔区通常是没有水分子的。由于离子通道中的孔隙大小和形状是有限的，水分子在进入通道时会因为受到孔隙的限制而形成一个水柱。这个水柱通常会形成一定的电场，并且会在特定条件下导致化学反应的发生。

因此，离子通道中间孔区的水含量取决于通道的大小和形状，以及水和离子通道之间的相互作用。

在一些离子通道中，中间孔区可能会有一定量的水分子，但这通常是因为特定环境下的相互作用，而不是通道本身的结构决定的。