绍兴特殊病种在杭州就医的报销比例会根据医保类型和就医情况有所不同。

对于绍兴的职工医保参保人，如果在杭州进行异地就医（包括异地安置、异地常住、驻外工作等情况），医保待遇通常与参保地待遇相同。

如果需要进行转外就医，并且已经经过备案，那么普通门诊转外自理比例为特约医院5%，非特约医院15%；住院、门诊规定病种转外自理比例为特约医院5%，非特约医院15%。

如果没有进行备案，那么普通门诊转外自理比例为特约医院5%，非特约医院15%；住院、门诊规定病种转外自理比例为特约医院15%，非特约医院25%。

对于绍兴的城乡居民医保参保人，如果在杭州进行异地就医，待遇通常视同转院后待遇。转外自理比例为特约医院10%，非特约医院25%。

需要注意的是，普通门诊统筹报销比例为0，而门诊规定病种、慢性病则按照政策进行报销。

需要注意的是，具体的报销比例可能会因个人情况、就医医院、就医时间等因素有所不同

因此，建议在就医前向当地社保部门或医保机构咨询具体的报销政策和比例，以便做好就医准备和费用规划。