大疆御三长焦版和大师版的主要区别在于硬件配置、性能表现和价格等方面。

硬件配置：长焦版采用了双镜头设计，包括哈苏镜头和长焦相机。哈苏镜头采用4/3 CMOS大底，具备2000万像素；长焦相机则采用162mm长焦镜头。而大师版则采用了拥有12.8档动态的M43尺寸的哈苏相机，最高支持5.1k 50fps的拍摄性能，双摄像头设置可以实现28倍混合变焦的拍摄性能。此外，大师版还内置了全向避障系统和1TB SSD存储硬盘，支持Apple ProRes 422 HQ编码。

性能表现：长焦版在感知系统、智能跟随、自动返航和续航等方面进行了升级。其中，感知系统升级到APAS 5.0，具备上下左右前后6个鱼眼镜头和两个超广角360度感知系统，探测距离从20米提升到了200米，响应速度也大大增加。智能跟随升级到5.0版本，可以全方位跟随目标。自动返航功能也得到了升级，现在可以绕过高楼等障碍物。续航方面，从30分钟升级到46分钟。而大师版则具备更高的拍摄性能和更大的存储空间，可以满足更高层次的专业需求。

价格：由于大师版在硬件配置和性能表现上更为优秀，因此价格也相对较高。而长焦版则相对价格更为亲民，适合一般消费者或初学者使用。

综上所述，大疆御三长焦版和大师版在硬件配置、性能表现和价格等方面存在差异。消费者可以根据自己的需求和预算选择适合自己的版本。