巩留”是建县时拟取的名称，似因巩乃斯河而得名。据民国年间《巩留县志》手抄本所载，巩留县当时辖地广阔，故取“巩吉斯、特克斯塔留”前后二字而命“巩留”，有“巩固长留”之意。

哈萨克语作“托古斯塔绕”（意为“九条支流”，寓意众多的河支流），蒙古语、维吾尔语则作“托古斯塔拉。