1、增值税的风险

不能作为进项抵扣，导致增值税增加。个人、公家傻傻分不清，未能及时申报，有偷税漏税风险。

2、企业所得税的风险

无法税前扣除，企业所得税增加。可能漏缴企业所得税，被稽查风险大。

3、个人所得税的风险

通过微信、支付宝给员工发放工资，存在漏报个税或刻意偷逃个税的风险。同时微信、支付宝发红包还要注意个税问题，应该区分不同的情形判断是否缴纳个税，以及如何缴纳个税。

4、公司管理风险

采用微信、支付宝付款，款项账面不透明、企业交易资金流不清晰、资金无法受到监管、企业内部管理财务混乱， 不利于企业长期发展