拼多多平台上，商家如果申请不想要退货，一般不会被扣除运费。但是，如果商家在售后服务环节中存在恶意操作或滥用退货政策的情况下，可能会被平台采取相应的惩罚措施，包括扣除运费等。因此，建议商家在处理退货事务时要严格按照平台规定操作，避免不必要的损失发生。