在使用用友T3软件进行不同部门期初的建账时，需要先根据每个部门的具体情况，设置好相应部门的会计科目，包括资产、负债、权益、损益等科目。

然后，根据每个部门的业务特点，录入相应的账面数据，包括期初余额、借贷方向、科目分类等。

最后，务必核对账面数据的准确性，确保各个部门的期初账目能够正确建立，并可以顺利开展后续的业务操作。