公积金在所得税汇算清缴中填写在专项附加扣除中。

因为根据国家税务总局发布的相关规定，公积金是可以享受专项附加扣除的，属于税前扣除项目，可以降低个人所得税的税负。

公积金缴纳的金额可以在年度汇算清缴的时候进行抵扣，但是需要填写在专项附加扣除这一栏中，并且需要按照规定填写个人社保缴纳、商业健康保险、住房租金等其他专项附加扣除的项目。