上海入职体检的医院并不一定只能在上午进行。通常情况下，大多数医院都会提供上午和下午的体检服务，以满足不同人群的需求。然而，具体的体检时间和安排可能会因医院和科室的不同而有所差异。

建议您在预约入职体检时，与所选医院的相关科室进行联系，咨询具体的体检时间和安排，以便您能够根据自己的时间安排进行选择。