祖籍是江西省婺源县人。

黄璐琦是中国共产党党员，中国工程院院士，中国中医科学院院长，国家中医药管理局副局长，中国中医科学院研究生院院长，中国医学科学院学部委员，中国科学技术协会第十届全国委员会副主席。

1989年7月，黄璐琦在江西中医药学院获学士学位。

1992年7月，在中国中医科学院中药研究所获硕士学位。

1995年7月，在北京医科大学（现北京大学医学部）获博士学位。

1997年11月起，先后担任过中国中医科学院中药研究所副所长、代所长、所长，中国中医科学院副院长。

2012年12月，出任中药资源中心主任。

2015年8月起，任中国中医科学院党委常委、常务副院长，并继续兼任中药资源中心主任。

2018年12月起，任中国中医科学院院长、中国中医科学院研究生院院长。

黄璐琦主要从事中药资源和分子生药学的研究工作。