果核龟腐甲是一种常见的健康问题，通常由于水质不佳、饲养环境不良或饮食不均衡导致。处理果核龟腐甲，首先要改善饲养环境，确保水质清洁，定期更换水源，并调整饲养密度。其次，合理搭配饲料，增加蛋白质和钙质的摄入，提高果核龟的免疫力。对于已经发生腐甲的果核龟，可以使用抗菌消炎的药物进行治疗，如用聚维酮碘溶液涂抹患处，并干养一段时间。同时，保持饲养环境的适宜温度，避免过冷或过热影响果核龟的恢复。

总之，处理果核龟腐甲需要综合考虑饲养环境、饲料搭配和药物治疗等方面，确保果核龟能够在一个良好的生活环境中恢复健康。以上建议仅供参考，如有需要，建议咨询专业的宠物医生。