员工承担的保险公司代交的款项，一般可以按照以下步骤进行做账：

代收：当企业代收员工承担的保险费时，可以借记“银行存款”或“现金”科目，贷记“其他应付款”科目。

代付：当企业代付员工承担的保险费时，可以借记“其他应收款”科目，贷记“银行存款”或“现金”科目。

以上做账方式仅供参考，具体应根据企业实际情况和会计准则进行调整。