当公司需要扣对方单位费用时，应该将该费用记录在应收账款中，并在账户中相应减去该费用。同时，在收入账户中也应该记录该费用。

在会计报表中，可以将扣款列为“其他应收款”或“坏账准备”，并将其列入资产负债表中。

在利润表中，该费用应该被列入营业成本中，以便反映在净利润中。公司需要注意记录和报告准确性，同时需遵循相关法规和会计伦理。