公安机关在查扣假币鉴定后，会按照相关法律规定进行处理。

首先，公安机关会将查扣的假币发送到国家货币真伪鉴定中心进行鉴定确认，确保假币的真伪性。

如果确认为假币，公安机关会对持有和制造假币的犯罪嫌疑人进行立案调查，并将假币予以收缴，同时对涉案的银行、商店等相关单位进行调查处理。

如果确认为真币，公安机关会及时通知持有者前来认领。

所以，公安机关查扣假币鉴定后的处理方法是非常严格的，以维护社会经济秩序的正常运转。