离职后，公司补交的公积金个人部分通常会从个人工资中扣除。这是因为公积金是个人和公司按照一定比例共同缴纳的，当公司补交公积金时，个人也需要承担相应的费用。具体操作可能因地区和公司政策而异，建议咨询公司的人力资源部门或财务部门了解详细情况。