在法律规定上，没有明确的规定消防中控室12小时单人值班是否合法，但是根据《劳动法》和《安全生产法》的规定，雇主有义务保证员工的身体和心理健康，而长时间的单人值班很可能导致工作压力和身心疲惫等问题，因此应该尽量避免。

针对这种情况，建议雇主适当增加值班人员，或者采取轮换制度，保障员工的健康和安全。