个体工商户可以按照以下步骤签约三方代扣协议：

1.选择电子支付平台：根据您的实际需求和对商户服务的满意度，选择一家可靠的电子支付平台，如支付宝、微信支付、银联等。

2.提交资料：根据支付平台的要求，提交个体工商户的相关资料，如有效证件、银行卡信息、联系方式等。

3.填写代扣协议：根据支付平台的要求，填写三方代扣协议，并确保表格中的信息正确、完整。

4.签署代扣协议：根据支付平台的要求，使用您的数字证书或其他认证方式完成协议签署，例如签名或合同扫描。

5.通过审核：提交所需的所有资料和代扣协议后，支付平台将对其进行审核。审核通过后，个体工商户就可以开始使用三方代扣服务了。

需要注意的是，在签署三方代扣协议前，务必要仔细阅读协议条款和服务条款。并在确保所有条款得到理解和认可后再进行签署，以免在使用服务过程中出现问题。如果还有其他问题，可以咨询所选择支付平台的客服进行了解。