内蒙古医科大学第三临床和第一临床的区别在于其不同的临床专业学科和重点领域。

内蒙古医科大学第三临床医学院是一所集医疗、教学、科研、康复以及健康服务于一体的三级甲等综合性医院，同时也是内蒙古医科大学第三附属医院。而内蒙古医科大学第一临床医学院是内蒙古医科大学最早成立的临床医学院，也是内陆地区成立较早的临床医学院之一。

总的来说，内蒙古医科大学第三临床和第一临床在学科和领域上存在差异，但具体区别需要进一步了解或咨询相关专业人士。