南陵县健康证在南陵县疾控中心办理。

因为根据相关规定，办理健康证必须通过检查机构进行体检和相关检测，而南陵县疾控中心是南陵县专门负责疾病预防控制和公共卫生事务的机构，具有资质和能力进行健康证的体检和检测工作。

如果您需要办理健康证，可以前往南陵县疾控中心进行相关申请和测试。

需要注意的是，不同地区的具体健康证办理方式可能会有所不同，建议您在办理前电话咨询或者查阅相关资料，以确保办证顺利。