在修改g54工件坐标系后，程序中应当及时修改工件坐标系参数，并进行程序验证。在程序中增加判断语句，确保程序使用正确的坐标系参数，避免出现偏差。此外，应提高操作人员的责任意识，训练其正确操作，尽量避免出现错误。若出现问题，应及时停机检查，避免造成更大损失。