硅藻泥墙屋顶发霉，处理方法如下：

先用刮刀或刷子清除霉斑，保持表面干燥。

使用专门的除霉剂，均匀喷洒在发霉部位，等待一段时间让除霉剂发挥作用。

再次清洁墙面，确保无余留霉斑。

为防止再次发霉，要加强室内通风，控制室内湿度，保持墙面干燥。

此外，硅藻泥本身具有吸湿放湿、净化空气的特点，可定期开窗通风、使用除湿机等，保持室内湿度平衡，预防发霉。