不可以。学生证是学校刚入学时签发的学生身份证明，只是代表了学生身份，在学证明是一种证明，证明学生在学校进修，学生证不可以代表港澳通行证的在学证明。在校大学生办理港澳通行证的在学证明可以凭身份证、学生证，在学校所在的县区，去公安（分）局的出入境服务大厅办理。