已经办理了退休手续的单位不能擅自停保。根据我国相关法律法规，退休人员的社保关系应该受到法律保护。单位不得擅自停保，否则可能会引发法律纠纷。退休后，退休人员依然有从社保基金领取养老待遇的权利。