小马宝莉的不同卡包主要在价格、内含卡片种类和稀有度等方面存在区别。

首先，价格方面，主要有5元包彩虹包和10元包辉月包两种。其中，彩虹包是最便宜的，但由于其绝版时间早，所以现在的卡价与卡包价格都比较高。辉月包作为10元包，相较于彩虹包，出好卡的概率会更大。

其次，内含卡片种类和稀有度方面，彩虹包的卡分为R、SR、SSR、UR、TR、TGR五种，其中TR与TGR均为透卡，每包会随机有一张。辉月包的卡分为R、SR、SSR、HR、UR、LSR、SGR六种，相较于彩虹包，增加了HR和LSR两种稀有度的卡片，其中HR为3D卡，有两种表现形式。此外，还有扭卡机限定的10元包EX包，其独占SGR007紫悦，其他的与辉月包就没什么区别了。

另外，值得注意的是，每种卡包一般过上半年左右就会更新换代一次，也就是出新款并且停产旧款。例如，辉月包第二弹是2022年新出的卡包，而到了2023年，就会出新的辉月包第三弹来替换它。每一弹都有属于只有本弹才能拆出的专属卡片，即独占卡片。

总的来说，小马宝莉的不同卡包在价格、内含卡片种类和稀有度等方面都有所区别，而且每个卡包都有其独特的特色和独占卡片，这也增加了收集和玩卡的乐趣。