新蒙古文和旧蒙古文的主要区别如下：

字母系统：旧蒙古文（传统蒙古文）是在回鹘（古维吾尔）文字母基础上形成的，而新蒙古文（西里尔蒙古文）是以西里尔字母为基础的。

语音方面：新蒙古文和旧蒙古文在语音方面存在差异。比如“山”字，在传统蒙古文中发音为“阿古拉”，而在新蒙古文中发音为“乌勒”。

形态学和语法范畴：新蒙古文和旧蒙古文在形态学和语法范畴上也有区别。新蒙古文形态学上更接近现代语言，有词根、词干、后接成分等；而旧蒙古文则更接近古蒙古语。

使用地区：新蒙古文主要在蒙古国和中国的内蒙古自治区使用，而旧蒙古文主要在中国内蒙古自治区使用。

总的来说，新蒙古文和旧蒙古文在字母系统、语音、形态学和语法范畴以及使用地区等方面都存在差异。