当个体户每月扣除5000元时，会计分录的处理需要考虑到该笔费用的性质。假设这笔扣除费用属于个体户的经营成本或费用支出，那么会计分录可以如下操作：

首先，在借方记录“经营费用”或“其他费用支出”账户，金额为5000元；然后，在贷方记录“银行存款”或“现金”账户，金额同样为5000元。这样，就通过会计分录准确记录了这笔费用的扣除情况，保持了财务账目的清晰和准确。当然，具体的账户名称和金额可能会根据实际情况有所调整。