如果货运上岗证档案丢失，首先需要向当地公安局报案并取得相关证明。然后准备好个人身份证、照片等材料，前往当地交通运输管理部门申请补办手续。

在办理补办手续时，需要填写相关申请表格并缴纳一定的费用，经审批后即可重新办理货运上岗证。同时，也需要重新参加相关培训和考试。补办过程中要耐心等待，严格按照规定流程办理。