根据国家卫生健康委员会的规定，灵活就业人员参加医疗保险，可以进行退保。但是退保需要符合相关的规定，一般来说，参保人员需要满足以下条件：1.已参保年限不少于2年；

2.无享受医疗保险待遇的事实；

3.已在正常缴费年度结束后，在当前缴费年度开始前申请办理退保手续；

4.符合办理退保手续的其他条件。

因此，灵活就业人员在交纳医保两年之后，如符合以上条件，是可以申请退保的。具体的操作流程可以咨询当地的医疗保险管理机构。