放行后报关员修改报关单可能会扣分。根据《中华人民共和国海关行政处罚实施办法》的规定，报关员在报关单上填写虚假或者不实的申报要素，或者未经海关许可擅自修改报关单，将会受到行政处罚，包括警告、罚款、扣分等。扣分将导致报关员的资质受到影响，严重的甚至可能被吊销报关员资格。因此，报关员在放行后修改报关单时，一定要慎重，以免受到处罚。