自动化工程师的加班费计算方法需要根据公司制定的具体规定来确定。一般情况下，公司会按照国家劳动法规定的法定加班费率，即平时工资的1.5倍或2倍，来计算自动化工程师的加班费。

有些公司根据不同的部门或职位设立不同的加班费率，自动化工程师的加班费也可能会因此而有所不同。同时，加班时间的长短、节假日加班等情况也会对加班费的计算造成影响。