宏碁非凡s3重装系统后，指纹识别技术仍可以正常使用。因为指纹识别技术是与硬件关联的，与系统无关，重装后只是清除了系统上的数据，并没有影响到指纹识别硬件的运行。用户只需重新设置指纹信息，即可使用指纹识别功能。需要注意的是，在重装系统时可能会遇到部分驱动不兼容的问题，需要及时更新相关驱动程序。